麦克风的主要缺点是如果暴露在不利的化学品(如汗液)就会最终损坏。
所有的电子元件都产生少量的随机电噪音，麦克风也不例外。噪声可以导致空气分子相对振动膜的无规则运动，同时也可以导致麦克风放大器内部无规则的电运动。这种噪声被助听器放大器充分放大后，在安静的环境下有时会被助听器使用者听到，特别是某些频率的听力接近正常的使用者。
麦克风的另一个缺点是对声音的敏感度;
麦克风对振动灵敏的第一个结果是任何振动被放大后都成为恼人的声音。例如，摩擦助听器机身(如：衣服贴近助听器)就可以听到这种声音;直接振动助听器机身，或在坚硬的表面滑动时也可能听到这种讨厌的极大的噪声。第二个结果是当助听器受话器运行时产生与声音一样的振动。麦克风拾取了一些振动，将它们转换成电信号，然后它们被助听器放大并通过受话器，产生更大的振动。如果从受话器到麦克风的这种振动的机械传送足够强，并且/或者助听器的增益足够高，这种反馈环路就可能引起可听到的振动，这种振动通常在低频。助听器设计者通过麦克风和受话器的精心安装和布置来避免这种反馈，但是它们中的任何一个改变了位置，助听器就会因为内反馈而不稳定。如果麦克风被安装在一个细长的管子的入口处，赫尔姆兹共振在频率上会向下移。这样会导致在增益-频率响应上出现更大的峰，并且在峰值频率以上的频率增益会迅速上升。
麦克风的最后一个缺点是风噪音。
当风碰撞到一个障碍物，如头、耳廓或助听器时，就会产生湍流。湍流由压力的起伏构成，麦克风不加选择的将这些湍流转换成声音，这样就听到低中频的噪音。保持麦克风入口远离风向可以减少风噪音的数量。一种虽然隐蔽、有效，但并不受欢迎的处理方法是在麦克风端口处放一些塑料泡沫;其次，较好的方法是将麦克风端口深放入耳道，因而出现了深耳道式CIC助听器。第三，效果稍差一些的选择是制造商在开放的麦克风端口放置网筛，这样进入麦克风端口的湍流就很少。
